...анализа текста pdf-файла в виде таблицы?

проблема, наверное, в том, что из-за отсутствия padding ячеек таблицы утилита предпочитает считать следующим словом не то, что находится в той же клетке ниже, а слово из соседней ячейки, расположенное на той же горизонтали и на меньшем расстоянии. А бордера она не видит в упор.